I cenni storici della parrocchia di Carbonate non possono concludersi senza una citazione della piccola chiesa dedicata a S. Giovanni Battista, che sorge presso l’antica cascina Abbondanza, oggi non più esistente.
Una prima descrizione che attesta l’esistenza di una seconda chiesa a Carbonate, oltre alla parrocchiale, è presente già nei resoconti della visita pastorale di padre Leonetto Clivone nel 1566. Non è possibile sapere, però, se tale chiesa sia la stessa esistente in epoca medievale e citata nel Liber notitiae Sanctorum Mediolani del XIII secolo. Per altro, occorre notare che la chiesa qui citata risulta dedicata a S. Giovanni Evangelista, mentre la chiesa visitata da padre Leonetto tre secoli più tardi è dedicata a S. Giovanni Battista. Non è tuttavia da escludere che le due chiese siano in realtà la stessa: il cambio dell’intitolazione, infatti, può essere dovuto all’acquisizione della proprietà dell’oratorio da parte dei Moneta, nella cui famiglia era ricorrente il nome di Giovanni Battista.
A seguito delle cattive condizioni in cui versava, la piccola chiesa di S. Giovanni Battista fu più volte oggetto di divieto della celebrazione della Messa da parte dei diversi arcivescovi di Milano: una prima volta nel 1575 ad opera di S. Carlo Borromeo, una seconda volta nel 1687 dal Card. Federico Visconti e una terza volta, nel 1706, dal Card. Archinti.
La situazione di degrado portò alla decisione di abbattere l’antico oratorio e costruire, tra il 1717 e il 1720, la chiesetta attuale. Non è chiaro se la nuova chiesa sia stata costruita nello stesso luogo di quella pre-esistente, anche se la documentazione storica porta ad escluderlo: l’antica chiesa, infatti, sorgeva “presso la casa” dei nobili Moneta, e dai documenti a disposizione non risulta che i fratelli Moneta abbiano mai abitato presso la cascina Abbondanza.
La piccola chiesa di S. Giovanni divenne di proprietà parrocchiale nel 1778, quando i signori Mozzoni – subentrati ai Moneta nella proprietà dell’oratorio – la donarono alla parrocchia in cambio del permesso di collocare una panca riservata alla loro famiglia nella chiesa parrocchiale.
Tra il XIX e il XX secolo la chiesetta di S. Giovanni andò nuovamente incontro ad un progressivo degrado, il che portò sia il Card. Ferrari nel 1906 che il Card. Schuster nel 1932 a raccomandare una maggiore cura, per evitare che un pezzo così importante della storia di Carbonate andasse distrutto. Sarà solo nel 1989, però, che il parroco don Pietro Quattrini, per ovviare allo stato di abbandono nel quale ormai si trovava, intraprese un’opera di restauro, conclusa l’anno successivo, che ha riportato in evidenza la bellezza dell’antica costruzione.